琴（法米克·詹森 Famke Janssen 饰）的死亡在X战警中造成了持续的响，斯科特和金狼罗根（休•杰克曼 Hugh Jackman 饰）恍然若失。学院的教学务落在了风暴女（哈莉•瑞 Halle Berry 饰）和金刚狼等人的肩上，异人在这里才能得身份的认同。某公司一异种人儿童的基因中提取了还原变异的X基因的“解药”，可以令异种人身与常人无异，解药的问世异种人中引起了强烈反响万磁王（伊安•麦克莱恩 Ian McKellen 饰）四处联系不愿改变体质异种人，试图用暴力抗人类社会的不公平待遇金刚狼等人发现琴并未死，而且她被唤醒的第重格拥有极为强大的力量，X教授（帕特里克•斯图尔 Patrick Stewart 饰）和万磁王各自争取琴，成为了改变种人世界的关键人物�